Академия водного транспорта была образована в 2019 году на базе Российского университета транспорта.
В её основу были положены традиции и опыт подготовки в области речного и морского транспорта, а также передовые технологии обучения. Являясь преемником Московской государственной академии водного транспорта – филиала ГУМРФ им. адмирала С.О. Макарова, Академия водного транспорта призвана обеспечить высокий уровень высшего профессионального образования в области морского и речного транспорта, совмещенный с инновационным подходом и передовыми научными достижениями, а также с учетом программ развития водного транспорта.